مطالبهای جدی
پس از اینکه حضرت آقا موضوع نقشهی جامع علمی کشور را مطرح کردند، تا حدود یک سال عملاً حرکت خاصی از جامعهی علمی کشور در این خصوص دیده نشد. پس از لغو دیدار ایشان با اساتید دانشگاه در سال 1385، معظمله مجدداً همان مطالبه را مطرح کردند: «ما اگر بخواهیم سند چشمانداز تحقق پیدا کند و آن مرجعیت علمى که براى کشور پیشبینى شده، به وجود بیاید و عملى بشود، ناچاریم که این کارها را انجام بدهیم، که مهمترینش تهیهى نقشهى جامع علمى است. این یعنى یک گام مهم، یک دروازهى مهم به سوى اجرائى کردن اهداف و شعارهائى است که مطرح شده و امروز بحمداللَّه در محیطهاى علمى به صورت یک گفتمان در آمده است.»1بالاخره معاونت علمی ریاستجمهوری به نمایندگی از شورای عالی انقلاب فرهنگی در سال 1386 حرکتی را برای تدوین این نقشه سامان داد و با دعوت از اساتید و خبرگان و برگزاری نشستهای متعدد کارشناسی، نهایتاً در اوایل سال 1387 نخستین نسخهی پیشنهادی نقشهی جامع علمی را ارائه نمود.برخی مباحث مفهومی موجود در این نقشه و خصوصاً نگاشت نهادی و توزیع نقشها برای اجزای مختلف نظام علم و فناوری، به گونهای بود که انتقاد برخی نهادها را برانگیخت. به همین جهت وزارت علوم در همان سال حرکت دومی را ترتیب داد و در سال 1388 نسخهی پیشنهادی خود را ارائه داد.